一台のサーバー機の有限なシステムリソースは数百サイトに使われていて、CPUTime制限は一つ一つのサイトに配分されるリソースを制限し、サーバー全般の効率性を向上させるためのシステムです。
自分のサイト運営に使われるべきリソースが他人のサイト運営に使われてしまうことはあまり好ましくないことでしょう。すべて海外レンタルサーバー会社はCPUTime制限を設けておき、そういった過度利用を減少し、サーバー全般の効率性へのマイナス影響を抑えています。つまり、CPUTime制限があって始めて、海外レンタルサーバーは高い安定性を維持し続けられています。
もしCPUTime制限がなかった場合、サイトのリソース過度使用によりサーバーハングアップが発生し、同一サーバーを利用している他のサイトに大きな影響を及ぼしてしまいます。海外レンタルサーバーのCPUTime制限によりリソース過度使用のサイトを一時シャットダウンしたり、Lunarpagesのようにサイトを性能の一層高いサーバー機に一時移転すると同時に、サイトに使われているアプリケーションを変えさせられて、その後、またサイトをもとのサーバー機に戻したり会社により解決方法が異なってきます。
実際に、海外の各レンタルサーバー会社はそれぞれ制限を設けておいてますが、具体的な制限内容は企業機密のため使用条約には記載されていないところからも使用制限のサーバー安定性維持への重要性を示唆しているじゃないかと思います。